조세행정소송 사례 | 특수관계인 판단 대응으로 경정거부처분 취소

본 사건의 의뢰인은 국내 중견기업 A법인으로, 계열사 C법인에 운영자금을 대여한 후 일부 회수가 지연된 상황이었습니다.

의뢰인은 회계연도 말 결산 과정에서 해당 대여금 중 회수가 불가능한 금액을 손실 처리했으나, 과세관청은 이를 특수관계인 간의 비정상 거래로 보고 손금산입을 부인했습니다.

의뢰인은 지분율이나 인사적 연계가 실질적으로 없었음에도 단순한 계열관계만으로 특수관계인에 해당한다고 판단한 과세관청의 처분에 이의를 제기하고자 했습니다.

이에 의뢰인은 세무 리스크를 바로잡고 과세관청의 경정거부처분에 대응하기 위해 조세전문변호사에게 조세행정소송 관련 자문과 소송대리를 요청했습니다.

조세전문변호사는 법인세법 및 시행령에 근거해 지배적 영향력이 인정되려면 단순한 출자관계가 아닌 실질적 의사결정 통제 또는 경제적 종속관계가 입증되어야 함을 분석했습니다.

의뢰인 법인과 C법인 간에는 독립된 경영 구조가 유지되고 있었으며, 인사 파견이나 거래 종속성도 없다는 점을 근거로 특수관계인 해당성을 부정하는 법리를 구성했습니다.

조세전문변호사는 거래 내역, 회계 장부, 이사회 결의서 등 객관적 자료를 종합하여 경정청구서를 작성했습니다.

또한 과세관청이 예상할 수 있는 반론에 대응하기 위해 사전 서면 질의 및 사실관계 검증표를 준비해 심사 단계에서 설득력을 강화했습니다.

경정청구 과정에서 주장과 증거가 일치하도록 구조화하여, 심사위원회가 거래의 실질을 명확히 인식하도록 유도했습니다.

과세관청이 경정청구를 거부하자, 변호사는 즉시 조세행정소송을 제기했습니다.

소송 단계에서는 ▲계열사 간 독립된 경영 체계 ▲비상환 사유의 경영적 불가피성 ▲회계기준에 따른 손실 인식의 적정성 등을 중심으로 기업의 입장을 체계적으로 입증했습니다.

또한 특수관계인 판단 시 지배력의 실질적 존재가 필수적임을 강조하며, 단순한 계열 구조만으로는 과세의 근거가 될 수 없다는 점을 논리적으로 제시하였습니다.

본 사건과 같이 계열사 간 거래가 문제된 경우, 과세관청은 계열사 간 거래에서 지분·자금 흐름 등을 참고하여 특수관계인 여부를 검토할 수 있습니다.

법인세법 제2조 제12호는 ‘특수관계인’을 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자로 규정합니다.

즉, 단순한 지분 보유를 넘어 경영에 대한 실질적 영향력이 인정되는 경우를 포함하며, 특수관계인은 그 관계를 매개로 다시 확장되어 ‘특수관계인의 특수관계인’도 동일하게 인정됩니다.

법인세법 시행령 제2조 제8항은 구체적인 판단기준을 다음과 같이 정하고 있습니다.

▶ 특수관계인 판단 기준

따라서 특수관계인 여부는 단순한 주식 보유율이 아니라, 경영에 대한 실질적 지배력, 자금 의존도, 조직·인사적 연계성 등 종합적 실질관계를 기준으로 판단합니다.