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법률정보

관세조사 정기조사와 비정기조사 차이는? 조사 선정 시 대응 방법 알아보기

관세조사는 정기조사와 비정기조사로 구분됩니다.

조사 대상 선정 기준과 조사 방식의 차이, AEO 공인업체에 적용되는 심사 제도 및 대응방법까지 살펴보겠습니다.

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CONTENTS
  • 1. 관세조사, 정기조사와 비정기조사의 선정 기준과 차이arrow_line
    • - 정기조사
    • - 비정기조사
    • - 조사 절차
  • 2. 관세조사 시 AEO 공인업체에 적용되는 심사 제도arrow_line
    • - AEO 공인심사
    • - AEO 종합심사와 일반 수출입업체의 차이
  • 3. 관세조사 유형에 따른 대응 방법arrow_line
    • - 정기조사 대응 포인트
    • - 비정기조사 대응 포인트
  • 4. 관세조사 대응에 대한 관세변호사의 조력arrow_line
    • - 대응 시 자주 발생하는 실수
    • - 관세변호사의 전략

1. 관세조사, 정기조사와 비정기조사의 선정 기준과 차이

관세조사란 「관세법」 제2조 제20호에 따라 관세의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정하기 위하여 방문 또는 서면으로 납세자의 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 조사(법 제110조의2에 따라 통합하여 조사하는 것을 포함한다)하는 것을 말합니다.

이전에는 ‘기업심사’로 불리었으나, 2023년 국정감사 및 감사원 감사의 지적에 따라 법적 용어를 정비하였고 이후 ‘관세조사’로 변경되었습니다.


관세조사는 조사 목적과 대상 선정 사유에 따라 정기조사비정기조사로 구분됩니다.

두 조사 모두 통관의 적법성과 신고 내용의 정확성을 확인하기 위한 절차이지만, 조사 대상을 선정하는 기준과 조사에 착수하는 계기는 서로 다릅니다.

h3 img정기조사

정기 관세조사는 신고 성실도와 조사 이력 등을 기준으로 일정한 주기에 따라 실시하는 조사입니다.

구체적인 탈세 혐의가 확인되지 않았더라도 다음과 같은 경우 조사 대상으로 선정될 수 있습니다.

▶ 정기조사 대상이 되는 경우

1. 정기적인 신고 성실도 분석 결과 불성실 혐의가 있는 경우

2. 장기(최근 4년 이상) 관세조사를 받지 않은 경우

3. 무작위추출방식의 표본조사 대상으로 선정된 경우

정기조사는 특정 위반행위를 적발하기 위한 조사라기보다 수출입 신고와 관세 납부가 적법하게 이루어졌는지 확인하는 데 목적이 있습니다.

따라서 조사 과정에서는 수출입 신고자료뿐만 아니라 품목분류, 과세가격, 원산지, 회계자료 등 수출입 거래 전반을 함께 확인하는 경우가 많습니다.

h3 img비정기조사

비정기 관세조사는 법령 위반이나 탈세가 의심되는 구체적인 사유가 있는 경우 실시하는 조사입니다.

정기조사와 달리 특정 거래나 특정 혐의를 중심으로 조사 범위가 정해지는 것이 특징입니다.

▶ 비정기조사 대상이 되는 경우

1. 신고 등 납세협력의무를 이행하지 않은 경우우

2. 구체적인 탈세 제보 등이 있는 경우

3. 신고 내용에 탈세나 오류 혐의를 인정할 만한 자료가 있는 경우

비정기조사는 조사 사유가 명확한 상태에서 진행되는 경우가 많으므로, 조사 대상이 된 거래와 관련된 계약서, 인보이스, 결제자료, 회계자료 등을 중심으로 사실관계를 소명하는 과정이 중요합니다.

h3 img조사 절차

관세조사 절차 사전통지 관세조사 개시

관세조사는 사전통지부터 조사 결과 통지까지 법령에서 정한 절차에 따라 진행됩니다.

조사 과정에서는 납세자가 자료를 제출하고 의견을 진술할 수 있으며, 조사 결과에 따라 과세처분이나 가산세 부과, 범칙사건 처리 등이 이루어질 수 있습니다.

관세조사 후 최종적인 납부고지서를 받았는데 부당하다고 생각된다면 사후 불복제도를 통해 불복할 수 있습니다.

이의신청, 심사·심판청구 등이 있으며, 90일 이내에 청구할 수 있습니다.

이의신청을 꼭 거쳐야 하는 것은 아니므로 생략하고 심사 또는 심판을 청구할 수 있습니다.

만약 이를 통해서도 구제받지 못했다면, 90일 이내에 행정법원에 행정소송을 제기하면 됩니다.

이때 청구서에는 부과된 관세 등이 위법 또는 부당하다는 구체적인 의견과 이를 입증할 수 있는 증거자료 등이 제출되어야 합니다.

2. 관세조사 시 AEO 공인업체에 적용되는 심사 제도

관세조사에서 AEO(Authorized Economic Operator, 수출입 안전관리 우수업체)는 관세청으로부터 안전성과 법규 준수 수준을 인정받은 업체를 말합니다.

AEO 공인업체는 일반 수출입업체와 다른 심사 체계가 적용되며, 일반적인 정기·비정기 관세 조사 대신 공인심사와 종합심사를 받게 됩니다.

h3 imgAEO 공인심사

AEO 공인을 신청한 업체는 법규 준수도와 내부통제 체계, 안전관리 수준 등을 종합적으로 심사받습니다.

심사 결과 공인 요건을 충족하면 AEO 공인업체로 인정되며, 이후에는 일반 업체와 다른 방식으로 사후관리가 이루어집니다.

h3 imgAEO 종합심사와 일반 수출입업체의 차이

관세조사 AEO 종합심사와 일반 수출입업체의 차이

AEO 공인업체라고 해서 모든 조사가 면제되는 것은 아닙니다.

다만 일반적인 관세 조사 대신 공인심사와 종합심사를 통해 법규 준수 수준과 내부관리 체계를 확인하며, 일반 수출입업체와는 다른 방식으로 관리가 이루어집니다.

3. 관세조사 유형에 따른 대응 방법

관세조사는 조사 유형에 따라 확인하는 사항과 조사 목적이 다르므로 대응 방법도 달라집니다.

조사 유형을 먼저 확인하면 어떤 자료를 우선적으로 준비해야 하는지, 어떤 사항을 중점적으로 설명해야 하는지 판단하는 데 도움이 됩니다.

h3 img정기조사 대응 포인트

정기조사는 수출입 업무 전반의 적법성을 확인하는 조사인 만큼 신고 내용과 제출 자료의 일관성을 갖추는 것이 중요합니다.

관세조사 정기조사 대응 포인트 정리

정기조사는 특정 혐의를 전제로 하는 조사보다 신고의 정확성과 내부 관리 수준을 종합적으로 확인하는 성격이 강합니다.

따라서 개별 거래뿐만 아니라 수출입 업무 전반을 설명할 수 있도록 관련 자료를 체계적으로 정리하는 것이 필요합니다.

h3 img비정기조사 대응 포인트

비정기조사는 탈세 제보나 신고 오류 등 구체적인 조사 사유를 바탕으로 진행되는 경우가 많으므로, 조사 대상이 된 거래를 중심으로 사실관계를 소명하는 과정이 중요합니다.

관세조사 비정기조사 대응 시 준비할 사항

비정기조사는 조사 사유에 따라 쟁점이 달라질 수 있습니다.

따라서 어떤 거래와 어떤 법령 위반이 문제 되는지 먼저 확인한 뒤, 해당 쟁점과 관련된 객관적인 자료를 중심으로 소명하는 것이 중요합니다.

4. 관세조사 대응에 대한 관세변호사의 조력

관세조사는 품목분류나 과세가격뿐만 아니라 원산지, 자유무역협정(FTA) 적용 여부, 외국환거래, 수출입 요건 등 다양한 법률관계가 함께 검토될 수 있습니다.

조사 대상과 쟁점에 따라 필요한 자료와 소명 방향이 달라질 수 있으므로, 사건의 특성에 맞는 대응 전략을 검토하는 것이 중요합니다.

h3 img대응 시 자주 발생하는 실수

관세 조사는 제출한 자료와 조사 과정에서의 설명이 이후 과세처분이나 범칙사건 판단에 영향을 줄 수 있습니다.

따라서 조사 대상과 무관한 자료를 제출하거나 사실관계를 충분히 확인하지 않은 채 진술하는 등 대응 과정에서의 실수를 줄이는 것이 중요합니다.

자주 발생하는 실수

유의할 사항

조사 사유를 정확히 확인하지 않고 자료를 제출하는 경우

조사 대상 거래와 조사 범위를 먼저 확인한 뒤 관련 자료 중심으로 제출

계약서·인보이스·회계자료의 내용이 서로 일치하지 않는 경우

거래 흐름과 증빙자료의 정합성을 사전에 점검

사실관계를 충분히 확인하지 않고 진술하는 경우

객관적인 자료를 바탕으로 사실관계를 정리한 후 의견 진술

조사 과정에서 추가 자료 제출 기한을 놓치는 경우

자료 제출 일정과 보완 요구 사항을 확인하여 기한 내 제출

조사 이후 후속 절차를 검토하지 않는 경우

과세예고통지, 과세처분, 불복 절차 등 후속 대응 여부 확인

이와 같은 실수는 조사 결과에 대한 대응 범위에도 영향을 줄 수 있습니다.

조사 사유와 제출자료를 종합적으로 검토하고 필요한 경우 법률 전문가의 도움을 받아 의견서 작성이나 자료 정리 방향을 함께 검토하면, 조사 절차 전반을 보다 체계적으로 준비하는 데 도움이 될 수 있습니다.

h3 img관세변호사의 전략

관세조사 대응을 위한 관세변호사의 전략

대한민국 9위 로펌 대륜(2025년 국세청 부가가치세 신고 기준)은 관세변호사와 관세사 자격을 가진 관세전문위원이 사건의 조사 유형과 선정 사유를 함께 분석하고, 필요한 경우 기업변호사와 회계사 등이 협업하여 조사 목적에 맞는 대응 전략을 검토합니다.

개인 수출입 사건부터 기업 관세조사까지 사건의 특성에 맞는 법률서비스를 제공하고 있습니다.

관세조사 통지를 받았거나 정기조사와 비정기조사 중 어떤 조사에 해당하는지, 조사 범위와 대응 방향을 검토해야 하는 상황이라면 🔗관세변호사와의 상담을 통해 사건에 맞는 법률 검토를 받아보시기 바랍니다.

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