부가가치세법ㅣ보조금에서 부가세를 뺐다며 분쟁 시작? 중재 이끈 사례

이 사건에서 먼저 확인해야 할 것은 돈이 왜 지급됐는가였습니다.

대륜 세무변호사는 지방자치단체와 B기업이 맺은 실시협약과 운영비 보조금 지급 내역을 하나씩 살폈습니다.

그 결과 보조금은 시설 운영에 필요한 비용을 지원하기 위한 돈이라는 점을 확인했습니다.

대륜 세무변호사는 이를 근거로, 공익사업을 돕기 위한 보조금을 일반적인 서비스 이용대금과 같게 볼 수 없다고 주장했습니다.

B기업은 부가가치세 상당액을 뺀 것 자체가 부당하다고 주장했습니다.

대륜 세무변호사는 부가가치세법을 근거로, 재화나 용역의 공급과 직접 관련되지 않는 공공보조금은 과세표준에서 제외될 수 있다는 점을 강조했습니다.

여기에 더해 시설을 실제로 이용하는 사람은 일반 주민이지, 보조금을 지급한 지방자치단체가 아니라는 점도 짚었습니다.

지방자치단체가 B기업으로부터 운영 용역을 공급받는 상대방이 아니라는 의미입니다.

이에 따라 대륜 세무변호사는 보조금에 부가가치세를 얹을 이유가 없고, 공제는 정당하다고 주장했습니다.

법리 주장만으로는 부족했습니다.

대륜 세무변호사는 국세청 질의회신, 지방자치단체 감사자료, 다른 민간투자사업의 보조금 처리 사례를 검토해 주장을 뒷받침했습니다.

특히 대법원 2023. 12. 28. 선고 2020두56780 판결을 근거로 공공보조금과 서비스 대금을 나누는 기준을 강조했습니다.

이 판결은 지방자치단체가 관광열차 운영을 지원하려고 지급한 돈이 서비스의 대가가 아니라 공공보조금이며, 공급과 직접 관련되지 않는 공공보조금은 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는다고 본 사례입니다.

대륜 세무변호사는 이 자료들을 토대로, 지방자치단체가 마음대로 지급액을 줄인 것이 아니라 법률과 보조금의 성격에 맞게 공제했다는 점을 분명히 했습니다.

마지막으로 대륜 세무변호사는 협약 내용, 부가가치세법 검토 결과, 관련 자료를 정리해 대한상사중재원에 답변서를 냈습니다.

답변서에서 특히 강조한 것은 ‘정산 경위’였습니다.

B기업은 이미 부가가치세 상당액의 공제와 환급 요청에 따라 관련 금액을 정산한 사실이 있었습니다.

대륜 세무변호사는 이 경위와 보조금의 법적 성격을 함께 보면 B기업이 같은 돈을 다시 돌려달라고 할 근거가 부족하다고 반박했고, 청구 전부를 기각해야 한다는 의견을 중재판정부에 전달했습니다.

돈을 낸 사람이 그 대가로 무엇을 받는지를 봅니다.

위 사례처럼 시설을 실제로 이용하는 사람은 주민이고, 지방자치단체는 이용료 인하와 운영 지원을 위해 돈을 냈다면 지방자치단체가 용역을 공급받는 상대방이라고 보기 어렵습니다.

대법원 2023. 12. 28. 선고 2020두56780 판결에서도 지방자치단체가 관광열차 운영을 지원하려고 지급한 돈을 서비스 대가가 아닌 공공보조금으로 보고, 과세표준에 포함되지 않는다고 판단했습니다.

이런식으로 문제가 된 돈이 공공보조금에 해당한다면, 잘못 포함된 부가가치세 상당액은 이후 정산 과정에서 공제하거나 환급받는 방식으로 바로잡을 수 있습니다.

다만 협약서에 정산 방법이 어떻게 정해져 있는지, 상대방과 어떤 경위로 공제·환급이 이뤄졌는지에 따라 분쟁 가능성이 달라지므로 관련 자료를 꼼꼼히 남겨두는 것이 중요합니다.

이러한 사항을 판단할 때 확인해야 할 자료는 다음과 같습니다.

"세법 해석 문제인데, 계약 분쟁을 다루는 변호사가 사건을 잘 지원할 수 있을까?"

민간투자사업 분쟁을 겪는 공공기관이 흔히 품는 걱정입니다.

실제로 이런 사건은 계약 해석, 보조금 정산, 부가가치세법, 중재 절차가 한꺼번에 얽혀 있어, 법률이나 세무 중 한쪽 시각만으로는 답이 나오지 않기도 합니다.

대한민국 9위 로펌 대륜(25년 국세청 부가가치세 신고 기준)은 이처럼 쟁점이 여러 분야에 걸친 조세 사건에서 법률과 세무를 한 팀으로 묶어 대응합니다.

부장급 변호사가 전체 전략을 주도하고, 중재 사건 경험이 있는 변호사와 세무변호사가 계약·절차상 쟁점을 검토합니다.

여기에 세무사가 정산 내역과 부가가치세 처리의 타당성을 숫자로 짚고, 세무고문이 "과세관청이라면 이 자료를 어떻게 볼 것인가"라는 시각으로 논리를 점검하며 조력할 수 있습니다.

이러한 원스톱 조력 체계의 목적은 세법 판단과 계약상 주장이 따로 놀지 않게 하는 것입니다.

한쪽에서 펼친 주장이 다른 쪽에서 약점이 되는 일을 사건 초기부터 줄일 수 있다는 것, 그것이 의뢰인에게 돌아가는 실질적인 이점입니다.

특히 지방자치단체나 지역 기업의 분쟁은 현장 자료 확인과 담당자 협의가 수시로 필요합니다.

대륜은 전국에 사무소를 두고 있어, 지방의 공공기관과 기업도 필요할 때 가까운 곳에서 바로 협의하며 사건을 진행할 수 있습니다.

그러니 반환 청구나 중재신청을 받았다면, 지급 목적과 정산 경위를 정리한 뒤 대륜 중잳변호사 🔗법률상담예약을 통해 대응 방향을 먼저 확인해 보시기 바랍니다.