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법률정보

국세청세무조사 대상과 세무조사 절차 및 세무조사대상 대처법

국세청세무조사는 법인사업자와 개인사업자 모두를 대상으로 개시될 수 있습니다. 세무조사대상이 된 경우 즉시 확인하고 대응해야 할 단계별 매뉴얼을 정리해드립니다.

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CONTENTS
  • 1. 국세청세무조사란?arrow_line
    • - 세무조사대상은?
  • 2. 국세청세무조사 절차는?arrow_line
    • - 정기 세무조사 절차는?
    • - 비정기 세무조사 절차는?
    • - 조사 기간은?
  • 3. 국세청세무조사, 법인사업자 정기조사 선정기준은?arrow_line
    • - 중소기업이라면 국세청 정기 세무조사 제외 가능
  • 4. 국세청세무조사 불복 방법과 단계별 대응 프로세스는?arrow_line
    • - 국세청세무조사 단계별 대응 프로세스
    • - 국세청세무조사 중 절대 하지 말아야 할 행동

1. 국세청세무조사란?

법무법인 대륜의 국세청세무조사 개념 설명

국세청세무조사는 납세자가 세법에 따라 세금을 성실하게 신고·납부했는지를 확인하기 위해 국세청 또는 세무서가 실시하는 행정조사입니다.

국세청은 납세자의 장부, 자료 등을 바탕으로 소득, 재산, 매출 등이 정확히 신고되었는지를 검증하며 법인세, 소득세, 상속세, 증여세 등 직접세뿐 아니라 부가가치세, 개별소비세, 증권거래세 등의 간접세도 국세청세무조사 대상에 포함됩니다.

h3 img세무조사대상은?

국세청세무조사 대상은 대기업을 비롯하여 중견기업, 중소기업, 공공기관이나 개인까지 모두 납세의 의무를 지기 때문에 누구나 대상이 될 수 있습니다.

특히 일정 수익 이상을 기록하거나 자산 규모가 큰 경우 세무조사 대상에 포함될 가능성이 높습니다.

개인 및 법인사업자의 경우 직접세 혹은 간접세를 신고할 때 탈루가 있다면 조사를 받을 확률이 커집니다.

또한 탈세에 대한 제보가 들어오더라도 조사의 타깃이 될 가능성이 높아집니다.

▶정기 세무조사 : 국세기본법 제81조의6에 근거하여 정기적으로 신고 적정성을 검증합니다.

▶비정기 세무조사(특별 세무조사) : 대통령이 직접 전수 조사 등의 지시를 하는 경우 비정기 세무조사를 실시하며, 법에서 정한 사유의 명백한 탈루 혐의 등을 조사합니다.

2. 국세청세무조사 절차는?

국세청세무조사 절차

국세청세무조사 절차를 정리드리겠습니다.

h3 img정기 세무조사 절차는?

1. 세무조사 사전 통지

세무조사 15일 전까지 세무조사 사전 통지를 보냅니다.

2. 세무조사 진행

조사 공무원의 신분을 확인 후 납세자 권리 현장에 대한 설명을 듣고 청렴서약서를 작성합니다.

대상 세목, 과세 기간, 사유, 제외 대상 등 안내 및 조사를 받습니다.

위법, 부당한 세무조사 등으로 권리를 침해당한 경우 조사 관서의 납세자보호담당관에게 권리보호를 요청할 수 있습니다.

3. 세무조사 종료

세무조사가 종료되면 20일 이내에 세무조사 결과 통지를 보내드립니다.

4. 권리구제 및 평가

조사 결과에 대한 이의를 제기할 수 있습니다.

h3 img비정기 세무조사 절차는?

국세청세무조사 중 비정기 세무조사는 조사 4국에서 담당합니다.

주로 탈세, 불법 비자금 조성, 배임이나 횡령을 심층적으로 조사하는 특별 조직입니다.

1. 조사 대상 기업 방문

비정기 세무조사는 사전 예고 없이 조사 대상 기업에 조사단이 방문합니다.

국세청 담당자는 방문한 회사의 대표이사와 간단한 협의 후 조사를 착수하게 됩니다.

2. 회사 조직도 파악

본부나 팀과 같은 조직의 수, 위치, 임직원 좌석 배치도를 파악합니다.

3. 자료 요청 및 조사 진행

부서별 관련 문서를 모두 확인하게 되며, 중요도에 따라 관련 서류를 국세청으로 가져갑니다.

PC 파일과 문서를 확인하며, 직원 1명 당 국세청 직원 1명이 전담할 수 있고 인원이 적을 경우에는 회사 부서별 1~2명이 집중적으로 전담합니다.

▶중점 서류

최근 5년 장부

회사 수익 발생 구조

임직원 현황(계약서, 급여 등)

법인 명의 계좌 및 카드

특수 관계자와의 거래 현황 등

대여금 및 차입금

복지 자금이나 법인 차량 관련 자료

부가가치세 내역

유형, 무형 자산 관련 사항

위 내용과 관련된 사규 등

4. 자료 조사 및 검토

입수한 자료를 통해 문제점을 찾아 심층 분석합니다.

자료를 토대로 회사에 질문하여 적합성과 타당성에 따라 추징세액을 산출합니다.

5. 조사 종료

국세청세무조사는 실시 및 조사 과정에서 1개월 이상의 기간이 소요됩니다.

조사가 종료되면 추징된 세액을 안내하고 마무리합니다.

h3 img조사 기간은?

국세청세무조사 기간은 정기 세무조사의 경우 20~30일 정도 소요되며, 비정기 세무조사는 이보다 더 긴 기간으로 60일 정도 소요됩니다.

해당 기간에 세무조사가 종결되기 어려운 경우, 2회, 각 20일 최대 40일까지 기간을 연장하여 조사합니다.

▶세무조사 기간 연장 가능 사유

납세자가 자료를 은닉한 경우

금융거래 현지 확인이 필요한 경우

세금 탈루 혐의가 포착된 경우

천재지변, 노동쟁의로 조사가 중단된 경우

조사 담당관이 세금 탈루 관련 추가 사실 확인이 필요하다고 인정하는 경우

3. 국세청세무조사, 법인사업자 정기조사 선정기준은?

국세청세무조사의 경우 법인사업자 정기 세무조사 선정 유형은 다음과 같습니다.

1. 법인 정기 세무조사 3대 선정 유형

국세기본법에 따른 정기 세무조사 선정 유형은 크게 세 가지로 나뉩니다.

선정 유형

주요 개념

신고성실도과세자료, 회계감사 결과, 세무정보 등을 전산 분석하여 불성실 혐의가 인정되는 경우
순환 조사최근 4과세기간 이상 조사를 받지 않은 납세자 중 업종·규모 등을 고려해 검증이 필요한 경우
장기 미조사장기간 조사를 받지 않아 성실신고 검증이 필요한 일정 규모 이상의 기업 (성실도 평가 결과와 무관하게 선정)

2. 유형별 세부 선정 기준

순환조사 기준(5년 주기 원칙)

  • 일반 법인: 연간 수입금액 2,000억 원 이상 시 5년 주기로 정기 조사 대상 선정
  • 특수 법인(수입금액 500억 원 이상으로 요건 완화): 상호출자제한기업집단 소속 법인(대기업집단) / 자산 2,000억 원 이상 법인 / 전문인적용역 제공 법인

신고성실도 평가 방식

  • 법인세·부가가치세·원천세 신고 내역과 세원정보를 바탕으로 전산시스템 평가 진행
  • 평소 세원관리 결과 및 세무조사 이력을 반영하여 지방국세청장이 최종 선정

h3 img중소기업이라면 국세청 정기 세무조사 제외 가능

체납 사실이 없고 관련 법령을 준수한 중소기업이 아래 요건 중 하나에 해당하면 국세청의 정기 세무조사 대상에서 제외될 수 있습니다.

4. 국세청세무조사 불복 방법과 단계별 대응 프로세스는?

국세청세무조사 변호사 조력

국세청세무조사 결과에 대해 과세 처분이 내려졌으나 납세자가 이에 동의하지 않는 경우, 아래와 같은 절차를 통해 구제를 신청할 수 있습니다.


이의신청
과세처분의 관할 세무서 또는 지방국세청에 제기하며, 처분 통지를 받은 날부터 90일 이내에 신청해야 합니다.


심사청구
국세청장에게 제기하는 절차로, 이의신청과 동일하게 90일 이내에 청구해야 합니다. 이의신청 단계를 뛰어넘어 바로 심사청구를 할 수도 있습니다.


심판청구
조세심판원장에 청구하는 절차로 과세처분에 직접 불복하거나, 이의·심사청구 결정에 불복하는 경우 신청할 수 있습니다.


행정소송 제기
위의 불복 절차로도 구제받지 못한 경우 행정법원에 소송을 제기할 수 있습니다.

심사청구 또는 심판청구 결정일로부터 90일 이내, 또는 과세처분을 직접 받은 날로부터 1년 이내에 제기해야 합니다.

h3 img국세청세무조사 단계별 대응 프로세스

1단계: 사전 통지 수령(조사 개시 20일 전)

  • 통지서 확인: 조사대상 세목(법인세, 부가세 등), 과세기간, 조사 기간, 조사 사유를 즉시 파악합니다.
  • 조세전문변호사 등 즉시 선임: 통지서를 받는 즉시 세무사·회계사·변호사 등 전문가에게 공유하고 대응팀을 구성합니다.
  • 조사 연기 신청 검토: 재해, 질병, 주요 임직원 장기 출장, 장부 영치 등 객관적 사유가 있는 경우 시작 전 연기 신청이 가능합니다.

2단계: 사전 준비 및 내부 점검

  • 장부 및 증빙 대조: 과세기간의 재무제표, 계정별 원장, 세금계산서, 금융거래 내역을 대조·정리합니다.
  • 리스크 항목 사전 추출: 가지급금, 특수관계인 거래, 고액 컨설팅비·자문료, 현금거래 등 추징 위험이 높은 항목을 미리 파악하고 소명 논리를 세웁니다.
  • 내부 담당자 교육: 조사관 질문에 직원이 무심코 한 답변이 불리하게 작용하지 않도록 커뮤니케이션 채널은 한 명(세무대리인 또는 담당 팀장)으로 단일화합니다.

3단계: 현장 조사 대응

  • 신분 및 권리 확인: 조사 첫날 조사관의 공무원증 및 조사원증을 확인하고 납세자권리헌장 수령 여부를 확인합니다.
  • 요청 자료만 제출: 조사관이 서면으로 요청한 자료만 제출합니다. 요청받지 않은 과도한 자료나 이전 과세기간 자료는 선제적으로 제출하지 않습니다.
  • 답변 유예 권리 활용: 확신이 없거나 모르는 질문에는 “관련 서류 확인 후 세무대리인을 통해 답변하겠다”고 답합니다.

4단계: 조사 종결 및 불복 검토

  • 결과 통지서 확인: 조사가 끝나면 20일 이내에 세무조사 결과 통지서(과세예고통지)가 발송됩니다.
  • 과세전적부심사 청구: 세금이 실제 부과(고지)되기 전 결과에 이의가 있다면 통지서를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구하여 1차적으로 다툽니다.
  • 불복 절차 진행: 세금 고지서가 발급된 이후에는 90일 이내에 이의신청, 심사청구, 심판청구(조세심판원) 등 행정심판 및 행정소송을 진행합니다.

h3 img국세청세무조사 중 절대 하지 말아야 할 행동

금지 행동이유 및 불이익

자료 임의 수정·파기

국세청은 이미 크로스 체크(거래처, 금융, 카드) 자료를 보유하고 있으므로 조작 적발 시 고의적 탈세로 간주되어 부당가산세(40%) 및 조세범처벌법 적용 대상이 됩니다.

미요청 자료 선제 제출

호의로 제출한 관련 없는 자료에서 새로운 과세 쟁점이 발견되어 조사 범위가 확대될 수 있습니다.

세무대리인 없이 확인서 서명

조사관이 작성한 확인서/진술서에 서명하면 차후 법적 불복 절차에서 번복하기 매우 어렵습니다. 반드시 조세전문변호사 및 세무사 검토 후 날인해야 합니다.

현장에서 즉흥적인 구두 답변

기억에 의존한 잘못된 구두 진술이 과세 근거로 채택될 수 있으므로, 반드시 서면이나 증빙을 바탕으로 답변합니다.

법무법인 대륜에서는 🔗조세전문변호사와 세무사, 사안에 따라 회계사 및 관세사 자격 보유 관세전문위원이 함께 국세청세무조사 대응을 위한 의뢰인 사건에 조력하고 있습니다.

만약 국세청세무조사로 인한 문제가 발생하였다면 언제든 법무법인 대륜 🔗조세변호사 법률상담예약을 진행해보시기 바랍니다.

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